Esta institución tuvo origen en el año 1889, donde las principales casas comerciales de lo que era en ese entonces Guayaquil, se reunían con frecuencia en resguardo de sus intereses. De esta manera surge la creación de la institución debido a la necesidad de la organización ante entidades gubernamentales. 

El 5 de junio de 1889 fue remitido en el Palacio de Gobierno en Quito un Decreto de fundación por el expresidente ecuatoriano, Antonio Flores Jijón, decreto que sería un soporte para la entidad, ya que podría convertirse en un medio de consulta para ellos. 

En 1909 se amplió a “Cámara de Comercio y Agricultura”. En 1934 a “Cámara de Comercio, Agricultura e Industrias”, y en 1938 volvió a denominarse “Cámara de Comercio de Guayaquil”.

En 1965 la junta militar anunció la aplicación de impuestos al sector comercial, debido a esta postura política, el presidente del grupo de asociados Luis Orrantia, marcó un hito histórico al convocar a los socios para formar la rebeldía tributaria, obligando a  la junta a revisar su postura, tras provocar un paro nacional.

En el mismo año, en la Avenida José Joaquín de Olmedo en el centro de la ciudad se inauguró la primera sede gremial perteneciente a la Cámara de Comercio de Guayaquil, lo cual les permitió ofrecer más servicios como capacitaciones a los socios y asesorías a la solución de conflictos.  La sede de la actual Cámara de Comercio ubicada en la Avenida Francisco de Orellana fue inaugurada en el 2001.